Die Wissenschaftliche Kommission spielt eine zentrale Rolle bei der Beurteilung der Forschungsprojekte, die von der Stiftung Krebsforschung Schweiz und ihrer Partnerorganisation, der Krebsliga Schweiz, unterstützt werden. Sie besteht aus 19 Mitgliedern, die über einen hervorragenden wissenschaftlichen Leistungsausweis verfügen und an Hochschulen oder Spitälern im In- und Ausland tätig sind. Unter Beizug weiterer Expertinnen und Experten stellen sie eine unabhängige und qualitativ hochstehende Begutachtung aller Forschungsgesuche nach internationalen Standards sicher.
Jedes Gesuch wird nach klar definierten Kriterien beurteilt. Im Zentrum der Beurteilung steht dabei stets die Frage, ob ein Forschungsprojekt wichtige neue Erkenntnisse zur Vorbeugung, Entstehung oder Behandlung von Krebs liefern kann. Darüber hinaus werden die Originalität, die Wahl der Methoden und die Durchführbarkeit des vorgeschlagenen Projekts bewertet. Nur Projekte, die in diesen Bereichen herausragend sind, werden zur Förderung empfohlen.